機動戰士高達SEED的系列作再開。這次除了我們大家熟悉的基拉（保志總一朗配音）、阿斯蘭（石田彰配音）等人外，還有大量新角色的登場。而故事也將演變的更為複雜，衝突加劇，戰爭升級。
　　CE70年2月，“血染情人節”事件的輻射效應還在地球聯合軍和ZAFT中延續著。二者發動了數次對抗，傷及眾多無辜百姓。CE71年6月，地球聯合軍居然不顧條約發動了對中立國家奧布聯合酋長國的侵略。這讓少年真飛鳥（鈴村健一配音）在一瞬間失去了自己全部的親人，而且都是在自己眼前。這件事對飛鳥的打擊不小，讓他這個無憂無慮的平凡少年，決定加入ZAFT。加入ZAFT，飛鳥遇到了許多挫折和坎坷，也看到了人性的殘忍和無奈，最嚴峻的情況是自己內心始終籠罩著家人離去的陰影。飛鳥的成長在ZAFT正式開始。他和基拉、阿斯蘭他們又會有怎樣的交集呢？